分子对接-openbabel介绍

chem 21143 0

虚拟筛选离不开分子对接,分子对接离不开分子文件,分子文件的处理离不开openbabel
这个软件开源,不需要收取任何费用,支持win以及linux。用的熟了之后要比某些收费的软件更方便。

分子对接-openbabel介绍

这条鱼支持SMILES,PDB,MOL2,SDF等等110种化学分子格式文件,其中绝大部分都是可以相互转换的,例如1维的SMILES转化为2维或者3维的MOL2等等,加全氢原子,或者极性氢原子,分子能量最小化处理。
同时可以计算分子指纹,比较分子相似度,例如:MACCS,ECFP系列,FCFP系列,FP系列
此外还可以计算一系列的2D,3D分子描述符。
总之挺齐全的,足够满足小分子的处理工作。

文献链接:https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/1758-2946-3-33


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